Qishloq xo‘jaligi
Qo‘qon xonligida aholi sun’iy sug‘orish mahoratini mukammal egallagandi. Suvdan oqilona foydalanilardi. Xonlikda asosiy qishloq xo‘jaligi ekini bug‘doy bo‘lgan. Shuningdek, meva, sabzavot va poliz ekinlarining deyarli barcha turlari yetishtirilgan. Chorvachilikda makkajo‘xori va beda yetakchi o‘rinda turgan. Xonlikda paxtachilik ham alohida o‘rin egallagan. Farg‘ona vodiysining ko‘pgina dehqonlari paxtakor bo‘lib, paxtachilik yildan yilga rivojlana bordi. Rossiyaning Markaziy Osiyodan, avvalo, Qo‘qondan paxta sotib ola boshlashi bu ekin maydonlarining yanada kengayishiga sabab bo‘ldi. Paxta savdosiga hatto boj ham bekor qilindi. Shu sababli Qo‘qon savdogarlari Rossiyaga serqatnov bo‘lib qolishdi. Talabning o‘sib borishi bilan paxta narxi ham oshib bordi.
Yer egaligi
Qo‘qon xonligida yer egaligining quyidagi shakllari mavjud bo‘lgan: 1. Amlok yerlari. 2. Xususiy mulk yerlari. 3. Vaqf yerlari. Mamlakatdagi butun yer davlatniki edi. Shuning uchun ham xususiy yer egalari, aslida, yerga emas, balki undan olinadigan mahsulot hamda shu yerlarda qurilgan imoratlarga egalik qilishardi. Mulklarning ko‘pchiligi 30 sotixdan 60 sotixgacha bo‘lgan. Yerlar ishlov berish uchun dehqonlarga ijaraga berilardi. Dehqonlar xon yerlarida ham mehnat qilishardi. Xon yerlarida ishlash uchun majburan safarbar etilgan soni 10 ming nafargacha yetardi. Ular mardikorlar deb atalardi. Xonlikda xususiy yerlarda hosilning 1/4 qismi uchun yollanib ishlovchi yersiz, ot-ulovsiz kambag‘allar chorikorlar deb atalardi. Bundan tashqari, korandalar deb ataluvchilar ham bo‘lib, ular hosilning 1/4 dan 1/2 qismigacha yerlarni ijaraga olib, o‘z mehnat qurollari bilan yollanib ishlashardi.
Soliq va majburiyatlar
Asosiy soliq xiroj boʻlib, uning miqdori ekin ekiladigan yer maydoni va ekin turiga qarab hosilning 1/3–1/5 qismigacha belgilanardi. Ko‘chmanchi xalqlardan olinadigan zakotning ham turi ko‘p edi. Ularning asosiylari ,ʻʻqo‘ra boshiʼʼ, ʻʻtutun haqiʼʼ, ʻʻyig‘im soliqʼʼ deb atalardi. ,ʻʻQo‘ra boshiʼʼ zakoti — ko‘chmanchi chorvadorlardan moli boshiga va qo‘rasiga qarab olinadigan zakot edi. Bu zakot qishda mollar qo‘ralarda turganida yig‘ib olinardi. ʻʻTutun haqiʼʼ zakoti bahor kelganda yangi o‘tloqlarga ko‘chishdan oldin xonadon boshiga bittadan qo‘y bilan olinadigan soliq (zakot) edi. ʻʻYig‘im soliqʼʼ esa zakot to‘lamaydigan boylar va ularning qarindoshlari bekka beradigan 9 buyumdan iborat in’omlari yig‘imi bo‘lgan. Mehnatkash xalq deyarli hamma narsa uchun soliq to‘lar edi. Chunki hamma qo‘riq yerlar, chakalakzorlar, to‘qaylar, daraxtzorlar, ko‘llar, barcha yaylovlar xonning ixtiyorida edi. Aholi qal’a devorlarini ta’mirlash, istehkomlar qurishga, kanallar qazishga, ariqlarni tozalashga, yo‘l qurilishiga safarbar etilardi.
Hunarmandchilik
Xonlik hujjatlariga ko‘ra, Qo‘qonda hunarmandchilikning miskar, zargar, o‘ymakor, kulol, qog‘ozgar, to‘qimachi, do‘ppi tikuvchi, kashtachi, ko‘priksoz, temirchi, novvoy, aravasoz, baxmalbof, bo‘yoqchi, dorukash, devorzan, degrez, ko‘nchi, miltiqsoz, nayzagar, panjarasoz, pillakash, po‘stindo‘z, taqachi, paranjido‘z, chevar, chitgar, gilamchi kabi turlari bo‘lgan. Xonlikda oltin ma’dani Kosonsoy (Namangan)dan, Qoratog‘ shimolidagi Ko‘krev daryosidan, Chirchiq daryosi bo‘ylaridan, Chatqol daryosi yuqori oqimlaridan olingan. Samarqandda bo‘lganidek, Qo‘qon xonligida ham qog‘oz ishlab chiqarilgan. Qog‘oz juvozxonasi Qo‘qon shahrining Mo‘yi muborak darvozasi orqasida maqbara yonida joylashgan.
Savdo
Qo‘qonga qo‘shni shaharlar va xorijiy mamlakatlardan savdogarlar kelib turgan. Shaharda yakshanba va chorshanba kunlari bozor bo‘lgan. Qo‘qon xonligining iqtisodiy hayotida Buxoro amirligi, Xiva xonligi, Qashqar, Hindiston, Afg‘oniston, Eron va, ayniqsa, Rossiya bilan bo‘lgan savdo katta o‘rinni egallagan. Masalan, Qashqar bilan olib borilgan savdo-sotiq faqat Qo‘qon orqali bo‘lardi. Qo‘qondan Qashqargacha yuklangan ot karvoni 14–20 kun yo‘l yurgan. Qo‘qondan Qashqarga temir, qizil charm, ipak va ipdan to‘qilgan matolar, oltin olib borilgan. Qo‘qon karvonsaroylarida Hindiston, Tibet, Qashqar, Buxoro amirligi, Afg‘oniston, Rossiyadan olib kelingan mollar ayirboshlanardi. Qo‘qonga savdogarlar karvon yo‘llari orqali kelgan.