Xonlikning tashkil topishi
Shayboniylar urf-odatiga ko‘ra, vafot etgan xon o‘rniga taxtga yoshi katta shayboniy o‘tqazilgan. Shuning uchun ham Muhammad Shayboniyxonning o‘limidan so‘ng taxtga bevosita uning avlodlari emas, amakisi Ko‘chkunchi Sulton o‘tqazilgan. To‘g‘ri, XVI asrning 40-yillaridan so‘ng bu urf-odatga rioya etilmay qo‘yilgan. Ko‘chkunchixondan so‘ng esa taxtga uning o‘g‘li Abu Said (1530–1533) o‘tirdi. Undan keyin esa hukmdorlik Shayboniyxonning ukasi Mahmud Sultonning o‘g‘li Ubaydullaxon (1533–1540) qo‘liga o‘tdi. Ubaydullaxon poytaxtni Samarqanddan Buxoroga ko‘chirtirdi. Ubaydullaxon Buxoroga ota meros mulk deb qarar edi, chunki Shayboniyxon hayotligidayoq Buxoro hokimligini ukasi Mahmud Sulton (Ubaydullaxonning otasi)ga bergan edi. Shu tariqa, shayboniylarning Movarounnahrda tashkil etgan davlati endilikda rasmiy ravishda Buxoro xonligi deb ataladigan bo‘ldi.
Ubaydullaxonning tariximizdagi xizmatlari katta. Avvalo, u Ismoil Safaviyning hujumlarini bartaraf etib, Movarounnahrni ularning harbiy-siyosiy tazyiqlaridan saqlab qoldi. Ubaydullaxon hukmronligi davrida Buxoroning poytaxt sifatidagi nufuzi har tomonlama o‘sdi. Ubaydullaxon o‘z davlatining chegarasini Shayboniyxon davridagi sarhadlarda qayta tiklashga harakat qildi. U Hirotni ishg‘ol etgan Eron qo‘shinini bir necha marta mag‘lubiyatga uchratgan edi. Ayni paytda, u mamlakat ichkarisidagi o‘zaro kurash va tarqoqlikka barham berdi.
Ubaydullaxon vafot etgach esa ichki ziddiyatlar yana kuchaydi. Hokimiyat uchun qattiq kurashlar boshlandi. Shayboniyxon avlodlarining har biri toj-taxtga da’vogar edilar. Ularning har biri o‘z ota merosi bo‘lgan hududlarda mustaqillikka intilar, imkoni bo‘lsa, xonlik taxtini egallash ishtiyoqida edilar.
Buning natijasida Ko‘chkunchixonning o‘g‘li Abdullaxon I ning qisqa vaqt hukmdorligidan so‘ng mamlakatda qo‘shhokimiyatchilik vujudga keldi. Ya’ni bir davlatda ikki hukmdor paydo bo‘ldi. Biri — Ubaydullaxonning o‘g‘li Abdulazizxon Buxoroda, ikkinchisi — Ko‘chkunchixonning o‘g‘li Abdullatifxon Samarqandda hukmdorlik qila boshladilar. Mamlakat bir necha mustaqil hokimliklarga bo‘linib ketdi. Biroq qachondir kimdir bu holatga chek qo‘yishi kerak edi.
Buxoro Abdullaxon II hukmronligi davrida
Mamlakatdagi parokandalikka chek qo‘yish uchun markaziy hokimiyatni yana tiklash va kuchaytirish zarur edi. Bu zaruriyatni urushlarsiz amalga oshirib bo‘lmas edi. Ana shunday sharoitda kurash maydoniga Miyonqol hokimi Iskandar Sultonning o‘g‘li Abdullaxon II (1534–1598) chiqdi. U shayboniylar sulolasining yorqin vakillaridan biri, nomi 3-mavzuda qayd etilgan Jonibek Sultonning nabirasi bo‘lgan. Iskandarxon xonadoniga Buxoro yaqinidagi Jo‘ybor qishlog‘ida istiqomat qiluvchi, g‘oyatda katta nufuzga ega bo‘lgan shayx Muhammad Islomning ixlosi baland boʻlgani Abdullaxonga bu kurashda juda katta madad bo‘ldi. 1556-yili Muhammad Islomning ko‘magida Abdullaxon Buxoro taxtini amalda egallaydi. Muhammad Islom Alloh nomidan Abdullaxonning faoliyatiga oq fotiha bergan edi. Abdullaxon II Xorazm va Xurosonni Movarounnahrga birlashtirish yo‘lida ko‘p jang-u jadallar olib bordi. Chunonchi, 1574–1595-yillar oralig‘ida Balxni, Samarqandni, Toshkent va Farg‘onani, Badaxshonni hamda Xorazmni zabt etdi va o‘z davlati tarkibiga qo‘shib oldi. Shundan keyin uning davlati sarhadlari janubda Hirotdan Mashhadgacha, shimolda Orol dengizigacha, Kaspiy dengizidan Issiqko‘lgacha yetdi. Butun Movarounnahr, Xorazm va Xuroson yana yagona hukmdor qo‘li ostida birlashtirildi. XVI asr oxirlariga kelib Buxoro xonligi nisbatan markazlashgan ulkan davlatga aylandi.

Rossiyada bu davlatga nisbatan „Великая Бухария“ (Buyuk Buxoro) iborasi qoʻllangan edi. Shunday qilib, XVI asrdagi davlatchiligimiz tarixida yetakchi sulola — shayboniylar sulolasi bo‘ldi. Sulolaning eng qudratli vakili Abdullaxon II davrida esa o‘zbek davlatchiligi o‘z tarixida yana bir bor yuksak darajaga ko‘tarila oldi.
Shayboniylar sulolasi hukmronligining barham topishi
Abdullaxon II mamlakatni birlashtirish yoʻlida shayboniy sultonlarning markaziy hokimiyatni kuchsizlantirishga urinishlariga qarshi tinimsiz va shafqatsiz kurash olib bordi. Bu maqsad yo‘lida qarindoshlariga ham shafqat qilmadi. Abdullaxon II garchand davlatni markazlashtira olgan bo‘lsa-da, davlatdagi ichki nizolarga barham bera olmagan edi. Abdullaxon II 1598-yilda vafot etgach, taxtni uning o‘g‘li Abdulmo‘min egalladi. Biroq o‘sha yilning o‘zidayoq Abdulmo‘min fitnachilar tomonidan o‘ldirildi. Undan qolgan ikki yashar o‘g‘ilning xonlik huquqini hech kim tan olmadi. Taxt uchun kurash boshlandi. Buxoroning bir guruh amirlari shayboniylardan Ibodulla Sultonning o‘g‘li Abdulaminni taxtga o‘tqazishga urindilar. Shayboniylaming boshqa guruhi esa Abdullaxon II ning amakivachchasi — Balx hokimi Pirmuhammadni taxtga o‘tqazdilar. Ichki nizolar tufayli Buxoro xonligida sodir bo‘lgan og‘ir vaziyatdan foydalangan Eron hukmdori shoh Abbos bostirib kirib, Nishopur, Sabzavor, Mashhad, Hirotni egallaydi. Xorazm esa xonlik tasarrufidan chiqib, davlat mustaqilligini tiklab oldi.
Ayni paytda, qozoq xoni Tavakkal Movarounnahrga qo‘shin tortib, Axsi, Andijon, Toshkent, Samarqandni egallab, Buxoroga yurish qildi. Pirmuhammadxon qo‘shini 1599-yilda Tavakkal qo‘shinini tor-mor keltirdi va Movarounnahr hududini ozod etdi. Qozoqlar qo‘shini Dashti Qipchoqqa chekindi. Pirmuhammad Buxoro xonligini yana ikki yilcha idora qildi. 1601-yilda Pirmuhammad va kelib chiqishi ashtarxoniylardan bo‘lgan Samarqand hokimi Boqi Muhammad o‘rtasida qonli to‘qnashuv yuz beradi. Mag‘lub bo‘lgan Pirmuhammad o‘ldirildi. Shu tariqa u ichki nizolar qurboni bo‘ldi. Shunday qilib Abdullaxon II vafotidan atigi 3 yil o‘tgach bir asr davom etgan shayboniylar sulolasi hukmronligi barham topdi.