Buxoroda hokimiyatning ashtarxoniylarga o‘tishi
Shayboniylarga amakivachcha ashtarxoniylar Jo‘jixon naslidan XIV asrning 80-yillaridan boshlab Ashtarxon xonligida (Hoji Tarxon, Astraxan) hukmronlik qilganlar. Ruslar bu xonlikning nomini Astraxan deb ataganlar. 1556-yilda Astraxanni Rossiya bosib olgach, Ashtarxonning sobiq hukmdori Yormuhammadxon oila a’zolari va qarindosh-urug‘i bilan Buxoroga keladi.
Ularni Buxoro xoni Iskandarxon (Abdullaxon II ning otasi) izzat-ikrom bilan kutib oladi. Iskandarxon qizi Zuhrabegimni Yormuhammadxonning o‘g‘li Jonibek Sultonga beradi. U shu tariqa Buxoro xoni oilasining a’zosi bo‘lib qoldi. Jonibek Sulton Zuhrabegimdan uch o‘g‘il (Din Muhammad, Boqi Muhammad, Vali Muhammad) ko‘radi. Jonibek Sulton va uning o‘g‘illari Buxoro xonligida yuksak mavqega erishib, Buxoro xonligi viloyatlarida hokim vazifasida faoliyat yuritadilar. Shayboniylar sulolasidan munosib taxt vorisi qolmagach, Jonibek Sulton xonlik taxtiga eng munosib nomzod bo‘lib qoldi. Xonlikning nufuzli kishilari unga taxtni egallashni taklif etganlar. Lekin u o‘g‘li Din Muhammad foydasiga taxtdan voz kechadi. Biroq bu orada Din Muhammad vafot etadi.
Markaziy boshqaruv hokimiyatini mustahkamlash uchun kurash
Boqi Muhammad (1601–1605) mamlakat sarhadlari jipsligini mustahkamlash, boshqaruv tizimini izga solish uchun ko‘p urindi. 1602-yilda Eron safaviylariga zarba berib, Balxni kuch bilan bo‘ysundirdi va ukasi Vali Muhammadni hokim etib tayinladi. 1603-yilda Eron safaviylarining Balxga hujum qilgan qo‘shinlarini mag‘lubiyatga uchratdi. Boqi Muhammad Toshkent uchun qozoq sultonlariga qarshi kurashdi. Qozoq xoni Keldimuhammad qo‘shinlarini mamlakat hududidan haydab chiqarib, qator hududlari Buxoro xonligiga bo‘ysundirdi. 1605-yilda Boqi Muhammad vafot etgach, uning ukasi Vali Muhammad taxtga o‘tqazildi. Ichki kurash yana avj oldi. Qabila beklari xon hokimiyatiga bo‘ysunmay, muxolifatchilikni kuchaytirdilar. Buxorolik amirlar xonga qarshi isyon uyushtirganligidan xabar topgan Vali Muhammad Eronga qochadi. Amirlar taxtga Boqi Muhammadxonning o‘g‘li Imomqulixonni (1611–1642) o‘tqazdilar. U Vali Muhammad boshlab kelgan Eron qo‘shinlarini tor-mor keltirib, mamlakat mustaqilligini saqlab qoldi. Vali Muhammad asir olinib, qatl etildi. Imomqulixon Toshkent va xonlikning shimoli-sharqiy chegaralari uchun qozoqlar, asosiy negizi oyrotlardan kelib chiqqan jung‘orlar va qalmiqlarga qarshi muvaffaqiyatli kurash olib bordi. 1613-yilda Toshkent yerlarini egallagan qozoqlarga hujum qilib, Toshkentni o‘z tasarrufiga kiritdi. Imomqulixon davrida markaziy davlat hokimiyati nisbatan mustahkamlandi.
Siyosiy tarqoqlikning kuchayishi
Imomqulixondan keyin taxtni egallagan Nodir Muhammad (1642–1645) davrida siyosiy tarqoqlik yana kuchaydi. Xonning o‘zi mamlakatning asosiy viloyatlarini 12 nafar o‘g‘li, 2 nafar jiyani va nabirasiga mulk qilib taqsimlab berdi. Oqibatda davlatchilik asoslarini zaiflashtirdi. 1645-yilda qozoqlar yana Movarounnahrga yurish qilib, Xo‘jandgacha yetib keladilar. Nodir Muhammad ularni quvib chiqarish uchun o‘g‘li Abdulaziz boshchiligidagi katta qo‘shinni safarbar etadi. Xondan norozi bo‘lgan bir guruh amirlar yurish davrida Abdulazizni xon deb e’lon qiladilar. Abdulaziz Buxoroga keladi, aslzodalar uni taxtga o‘tqazadilar. Nodir Muhammad Balxga qochib ketadi va toj-u taxtni qaytarib olish maqsadida Hindiston podshohi temuriyzoda Shoh Jahondan yordam so‘raydi. Shoh Jahon Balx viloyatini o‘ziga bo‘ysundirish maqsadida u yerga o‘g‘illari Murodbaxsh va Avrangzeb boshchiligida katta qo‘shin yuboradi. Nodir Muhammad Shoh Jahon o‘g‘illari yordamga emas, Balx viloyatini egallash uchun kelayotganini bilgach, ularga qarshi chiqadi. Maymana yo‘lida bo‘lgan jangda Nodir Muhammad yengilib, Eronga qochadi va shoh Abbos huzurida panoh topadi. 1647-yilda Shoh Jahonning o‘g‘illari Balxni egallaydi. Nodir Muhammad shoh Abbos yordamida Balxni qayta egallaydi. Bu voqealardan tashvishga tushgan Abdulazizxon ukasi Subhonquli yetakchiligida Balxga katta qo‘shin yuboradi, 1651-yilda Subhonquli Balxni egallaydi va u Balx hokimi etib tayinlanadi. Nodir Muhammad esa Makkaga hajga borayotib yo‘lda vafot etadi.
Buxoro–Xiva munosabatlari
Abdulazizxon davrida (1645–1681) Xiva xonlarining talonchilik yurishlari kuchayadi. 1655-yilda Xiva xoni Abulg‘oziyxon katta qo‘shin bilan yurish qilib, Buxoro atroflarini ikki bor talon-toroj qiladi. Qorako‘l aholisining bir qismini asir olib, Karmanani vayronaga aylantiradi. 1658-yilda Vardonzeni talab, 1662-yilda Buxoro shahrigacha yetib boradi. Tinimsiz urushlar, ichki ziddiyatlar Buxoro xonligining ijtimoiy-iqtisodiy ahvolini murakkablashtirib yuborgandi, siyosiy vaziyat izdan chiqqandi. Keksayib qolgan Abdulazizxon 1681-yilda taxtdan voz kechadi. Abdulazizxondan keyin taxtga o‘tirgan Subhonqulixon (1681–1702) davrida ham ahvol o‘nglanmadi. Subhonqulixon, bir tomondan, Balx viloyatlarida hokimlik qilayotgan o‘g‘illariga qarshi, ikkinchi tomondan, Movarounnahr viloyatlaridagi amir va beklarga qarshi urushlar qilishga majbur bo‘ldi. Uchinchi tomondan, Xiva xoni Anushaxon qo‘shinlari hujum qilib, Buxoro, Karmana va Vardonzeni egalladi, hatto Samarqandni ham ishg‘ol qildi. Samarqandda Anushaxon nomiga xutba о‘qitilib, uning nomidan tanga pullar zarb etiladi. Subhonqulixon qatag‘on urug‘idan bo‘lmish Badaxshon hokimi Mahmudbiy otaliq yordamida Xiva qo‘shinlarini Samarqanddan quvib chiqarishga erishdi. Subhonqulixon Xiva hujumiga chek qo‘yish uchun Anushaxonga qarshi fitna tayyorlaydi. Natijada Xiva xoni Anushaxon taxtdan tushiriladi. Subhonqulixon 1688-yilda Xivadagi tarafdorlari xizmatidan foydalanib, xonlikni Buxoro xonligi tasarrufiga oladi. Qirg‘inbarot urushlar, ichki nizolar oxir-oqibat mamlakat iqtisodiyotini chuqur tanazzulga tushiradi.